现阶段我国农村土地确权纠纷的主要问题有：承包地无法复垦或已经进行土地调整；承包地被依法征用或被公益事业占用；承包面积与实际种植面积不符；因离婚分户、子女结婚分户、家庭人员死亡发生人员变动；承包地进行综合整治；承包地出现历史遗留纠纷等诸如以上此类。
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在调查处理土地权属争议过程中，国土资源行政主管部门认为有必要对争议的土地进行实地调查的，应当通知当事人及有关人员到现场。必要时，可以邀请有关部门派人协助调查。
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当事人发生土地权属争议，经协商不能解决的，可以依法向县级以上人民政府或者乡级人民政府提出处理申请，也可以依照本办法第五、六、七、八条的规定，向有关的国土资源行政主管部门提出调查处理申请。